La tradición dice que San Marcos evangelizó Egipto hacia el año 40.
A causa de las persecuciones de los romanos, los cristianos se refugian en el desierto, hasta la época de Constantino (324-337) en la que esta religión empieza a tener gran importancia.
Como respuesta a la opresión bizantina los cristianos coptos, junto con los etíopes, armenio y sirios adoptan la doctrina monofisita que dice que sólo hay una naturaleza en Jesucristo.
Tras la conquista árabe y favorecido por ventajas fiscales a los conversos, los egipcios se convierten en masa a la religión musulmana, aunque sigue habiendo revueltas contra la dominación árabe en el 725 y el 739.
Hasta mediados del siglo IX la religión cristiana sigue siendo la mayoritaria, pero ya durante los siglos XII-XIV se consolida la proporción actual de 90% musulmanes y 10% coptos.
El barrio copto de El Cairo es el barrio más antiguo de la ciudad, donde estaba la fortaleza de Babilonia construida por Trajano entre los años 98 y 117.
El ritual de la Iglesia copta viene del siglo VI y actualmente se sigue celebrando la misa en lengua copta.
