El primero en ocupar este recinto fue el gobernador Hatim ibn Hartama, que mandó construir aquí un pabellón de recreo llamado la Bóveda del Viento.
Pero es Saladino el que la fortifica en 1176 para proteger el país de los ataques de los cruzados. Los sultanes mamelucos establecieron su cuartel general aquí y construyeron un gran palacio y un acueducto.
En la época otomana pasó a ser casi una ciudad con dos barrios residenciales dónde vivían los jenízaros y los asab.
Mohammed Alí la convirtió en su residencia principal y en la sede de su gobierno y por ello reconstruyó la muralla y erigió edificios civiles, militares y religiosos como la mezquita que lleva su nombre.
En 1811 ocurrió un grave incidente en la ciudadela. Para eliminar a sus rivales los mamelucos, Mohammed Alí les invitó a un banquete con motivo del nombramiento de su hijo como Jefe de la Expedición Militar Egipcia contra los Wahhabis (movimiento fundamentalista islámico) en Arabia Saudita.
Cuando acabó la fiesta los invitados la abandonaron a caballo, pero antes de que salieran de la ciudadela, se cerraron todas las puertas y los guardias de Mohammed Alí dispararon contra ellos y mataron a todos menos a uno que consiguió volver atrás y saltar la muralla con su caballo.
