La ciudad la fundan los bereberes de la tribu de los zenetes en el siglo IX a la orilla del ued (río) Bu Fekran, y le ponen el nombre de Meknasa ez-Zitun (Meknasa el Olivarero).
Su historia sigue paralela a la de Marruecos y pasa a los almorávides en 1069, a los almohades en 1145 y a los meriníes en la primera mitad del siglo XII que construyen una alcazaba, una mezquita y una madrasa, y que arrastraron a la ciudad en su declive.
También los watasíes y los saadíes la poseen, pero es con los alauitas y en concreto con Mulay Ismail con quién la ciudad llega a su esplendor en el siglo XVII.
Mulay Ismail convierte a Meknes en su capital, levanta enormes murallas con monumentales puertas, construye mezquitas, alcazabas, graneros, cuadras, jardines y el palacio de Dar Kebira.
Para realizar todas estas obras utilizó a unos 3.000 cautivos cristianos y a unos 30.000 prisioneros de las tribus vecinas y como materia prima tomo materiales de las ruinas de Volubilis y del palacio el-Badi de Marrakech.
Su ejército estaba formado por 150.000 hombres que se renovaban continuamente con los hijos que iban naciendo en el campamento y que cuando tenían 15 años pasaban a la armada.
Mulay Ismail también quiso mejorar las relaciones con Francia y, para ello, una misión enviada por él se entrevistó con Luis XIV para firmar una alianza y negociar el rescate de los cautivos. La misión fracasó, aunque Mulay Ismail insistió pidiendo la mano de Ana María de Borbón, la hija del rey francés, petición que fue rechazada.
A la muerte de Mulay Ismail, las guerras de sucesión y el terremoto de Lisboa marcaron la decadencia de la ciudad.
